Des études récentes montrent que le comté lui-même ne verra le jour qu’au milieu du XI e siècle avec Geoffroy de la famille de Joinville, mais c’est son fils, Renard Ier qui, le premier, porte le titre de comte de Joigny.
Cette dynastie, qui comprit 14 comtes, s’étendit sur trois siècles.

Installée sur place, dans son château, elle permit à Joigny de se développer démographiquement et commercialement.
Les premiers comtes de Joigny créèrent deux prieurés, à Joigny même et à l’Enfourchure, la Chartreuse de Valprofonde et deux abbayes importantes: les Echarlis et Dilo. Ils participèrent aussi à la création des deux commanderies : La Madeleine, la templière, et Saint-Thomas, l’hospitalière. Enfin, avec les habitants, ils furent à l’origine de l’hôtel-Dieu Saint-Antoine et des maladreries Saint-Jacques et Saint-Denis de Léchères.
Dynastie brillante, elle s’allia aux plus grandes familles.
Guillaume II accorda les premières franchises aux bourgeois de Joigny.

Mais c’est Jean II qui, le 20 janvier 1302, affranchira totalement la ville moyennant 4850 livres, sous réserve des droits des comtesses douairières Isabelle de Mello, sa grand-mère et Marie de Mercoeur, sa mère.
Son frère cadet, Robert, devint évêque de Chartres, sa sœur Isabelle épousa Haakon de Norvège. Sa fille unique, Jeanne, épouse Charles de Valois, neveu de Philippe le Bel et frère de Philippe VI; elle meurt jeune sans enfant après avoir fondé l’hôpital de Tous-les-Saincts, dans le faubourg du pont.

Son héritier, Simon de Sainte-Croix, échangera le comté avec la famille de Noyers.
Durant la guerre de Cent Ans, l’hôpital de la comtesse Jeanne et tout le quartier de la rive gauche furent pillés et brûlés par les troupes et surtout les grandes compagnies, et notamment celle de Robert Knoles ou Quenolle.

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